Действие игры происходит в 1999 году, когда запасы нефти начинают истощаться и мир сталкивается с глобальным топливным кризисом. Когда блестящий чешский биолог обнаруживает микроорганизм, который превращает сырую нефть в полезное топливо, появляется надежда на разрешение кризиса. Доктор Кио Марв, однако, похищен при загадочных обстоятельствах, и ответственность за все это дело берет на себя азиатский режим под названием Занзибарская земля, который благодаря открытию чешского ученого и доступу к ядерному оружию хочет получить власть над миром. Последней надеждой человечества оказывается Солидный Змей - человек, который в одиночку решил задачу аналогичного ранга в первой части серии Metal Gear.