Mass Effect Infiltrator-это трехмерный шутер от третьего лица, который имитирует многие особенности геймплея и анимации основных игр Mass Effect, включая использование прикрытия и сочетание перестрелки и биотических сил. Элементы управления упрощены по сравнению с консольными играми и адаптированы под сенсорный интерфейс; например, нет товарищей по команде для управления, и необходимо нацеливать врагов на биотические атаки, нажимая непосредственно на экран.

Игрок вознаграждается кредитами в течение игры, и они могут быть потрачены на модернизированное оружие, броню и биотические способности. Игрок также собирает информацию, которую можно обменять на игровые кредиты или использовать для добавления к баллу Галактической готовности игрока в Mass Effect 3. По завершении игры игрок получает новый военный актив в своей игре Mass Effect 3.

В апреле 2012 года было выпущено крупное обновление для Mass Effect Infiltrator, доведя версию до версии 1.0.3. Обновление добавило дополнительную побочную миссию, в которой игрок берет на себя роль сбежавшей жертвы турианского эксперимента, а также возможность вручную наводить оружие. Патч также включает в себя технические оптимизации, разработанные для iPad третьего поколения.