В Persona 3 возьмите на себя роль старшеклассника, который в детстве осиротел и недавно перевелся в среднюю школу Геккукан на острове Порт. Всего через несколько дней после того, как он прибывает в школьное общежитие, на него нападает Тень. Нападение пробуждает его Личность, Орфея, его единственный шанс победить это существо ночи. Вскоре он обнаруживает, что разделяет эту особую способность с другими учениками своей новой школы. От них он узнает о Темном Часе, скрытом времени, которое существует между одним днем и следующим, кишащем Тенями, которые замедляют движение, требуя жертв, известных как Потерянные - бедные души, которые необъяснимо превратились в ходячих зомби. Под руководством председателя школы Сюдзи Икуцуки он присоединяется к своим новым друзьям в противостоянии этой зловещей угрозе... С вашей школой в качестве основного поля битвы вы вынуждены жонглировать между двумя жизнями: учеником днем, защитником от зла ночью. И самые большие испытания ждут вас в канун каждого полнолуния.