Действие происходит в 1996 году, когда Мегами Ибун-Року Персона сосредотачивается вокруг главного героя и его одноклассников в средней школе Святого Гермелина в Микаге-чо (Lunarvale in Revelations: Persona). Хидэхико Уэсуги уговаривает всех своих друзей сыграть в игру под названием "Персона", которая очень похожа на ритуальную игру "Кровавая Мэри". Во время игры ученики теряют сознание и встречают Филемона, который дает им способность вызывать отражения своих личностей, которые известны как Личности.

Вскоре главный герой и несколько его друзей отправляются навестить Маки Сономуру, который болен и прикован к постели. Во время своего визита они обнаруживают, что город меняется и демоны бродят по улицам. Мать Маки, инженер, работающий в SEBEC, говорит, что виновником инцидента является Такахиса Кандори, президент компании.

После того, как мать Маки отвезли в школу (единственное место в городе, защищенное от демонов), действия главного героя решают ход истории. Если главный герой решит отправиться за Кандори, то начнется глава о СЕБЕКЕ, которая является основной сюжетной линией игры. В качестве альтернативы главный герой может выбрать расследование серии инцидентов, произошедших в школе восемь лет назад, и начать Поиски Снежной королевы-альтернативную сюжетную линию, не связанную с инцидентом в СЕБЕКЕ.