Игра продолжает предыдущую игровую линию: XCOM Enemy Unknown. В XCOM 2 мы видим Землю под властью инопланетян. Установленный ими порядок основан на тотальном контроле, но провозглашается царством процветания и безопасности. Однако на периферии крупных городов есть те, кто считает это диктатурой и борется за восстановление независимости людей. Так возрождается новый XCOM, организация борцов за свободу. Базой для солдат организации теперь является инопланетный корабль "Мститель", переделанный под нужды защитников Земли.
Игроку предстоит путешествовать по глобальной карте, контактировать с партизанами в различных местах, искать ресурсы и совершать партизанские атаки на критические точки врагов. Тактика организации изменилась - теперь они в меньшинстве. Заводы по производству оружия и другой техники были закрыты 20 лет назад, поэтому вам придется собирать любое найденное оборудование и ресурсы.
В игре появилось много новых врагов, но есть и пришельцы из предыдущей игры. Герой игры обладает уникальной способностью находиться в контакте с пси-сетью, объединяющей всех инопланетян. Эта способность делает его поворотным пунктом, в котором порабощение Земли может быть обращено вспять.